En 1848 suite à l’abolition de l’esclavage est créé à Saint-Pierre un collège qui devrait accueillir les « élèves blancs et les élèves noirs » dit le texte de la Congrégation des Pères du Saint Esprit arrivés à la Martinique en 1845. C’est le « Séminaire Collège de Saint-Pierre » seul établissement secondaire de l’île pour les garçons. Son but est de former sur place des séminaristes ou/et si possible une élite locale. L’établissement permet donc à un bon nombre de jeunes gens d’approfondir leur foi et leur vocation et de poursuivre localement des études de bon niveau, études qu’ils n’auraient pas été à même de poursuivre en France métropolitaine faute de moyens !
Par décision du Gouverneur, le 1er Juin 1853, la création à Fort-de-France d’une succursale du Séminaire Collège de Saint Pierre est autorisée sous le nom d’Externat Sainte Marie en accord avec le Gouverneur et Monseigneur le Herpeur, premier évêque de la Martinique, dans le cadre de la Loi Falloux.
L’Externat Sainte Marie confié à Monsieur l’Abbé Chauvet, s’installe d’abord Rue Joyeuse (Rue Lazare Carnot) puis, Rue Sainte Catherine (Aujourd’hui Rue Lamartine), avant de se fixer sur le Plateau Fabre en 1871.
Entre temps, en 1863 les Pères du Saint-Esprit acceptèrent d’ajouter la direction de l’Externat Sainte Marie à celle déjà assumée au Séminaire Collège de Saint Pierre. Le Père Brunetti en fut le premier Supérieur.
Des difficultés financières et une vague d’anticléricalisme obligèrent en 1895 à fermer l’Externat Sainte-Marie jusqu’au jour où le 6 Mars 1903, l’Evêque retrouva cette maison de Plateau Fabre pour y faire renaître de ses cendres le Séminaire Collège de Saint Pierre pulvérisé par l’éruption volcanique de la Montagne Pelée le 8 Mai 1902. Désormais l’établissement porte le vocable ” Séminaire collège Sainte Marie “.
Il n’y avait qu’un élève en 1903, 75 en 1904, 126 en 1906. En 1911, suite à l’application de la loi de séparation de l’Eglise et de l’Etat, la privatisation du Séminaire Collège Sainte Marie conduisit à ne recevoir que ceux qui pouvaient payer leur scolarité. Cependant, durant cette période quelques séminaristes de couleur sont admis gratuitement ou presque.
En 1964, avec 435 élèves, le Séminaire Collège Sainte Marie 2nd degré passe sous contrat d’association avec l’Etat ce qui lui permet de recruter des professeurs laïcs et de s’ouvrir plus largement aux élèves de toutes les conditions sociales : la mixité s’installe peu à peu en lycée, puis en collège et à l’école.
En 1974, la Congrégation des Pères du Saint Esprit se retire du Séminaire Collège Sainte Marie et jusqu’à ce jour le diocèse, assurant la tutelle de l’Etablissement a mis en place une association de gestion (OGEC) de type loi 1901 et une direction laïque.
En 1978, l’internat est fermé et en 1988 un bâtiment neuf pour les maternelles est érigé.
En 1991, le primaire sous contrat simple depuis 1964 passe sous contrat d’association avec l’Etat.
A la rentrée de l’année scolaire 2017-2018, le Second degré s’implante dans le Sud de la Martinique par la création d’une annexe au collège à Rivière Salée.
Désormais le groupe scolaire accueille plus de 1500 élèves. L’école avec un effectif de 623 élèves est la plus importante de l’île.